前提

当然fastbootコマンドが使える環境のパソコンが必要です。EFSを弄った方はカスタムリカバリーを消す前にオリジナルのEFSに戻してください。

ファクトリーイメージをダウンロード

こちらでお好きなバージョンのzipファイルをダウンロードしてください。

ダウンロード出来たら解凍します。たとえば6.0.1 (M4B30Z, Dec 2016)なら解凍するとこのような内容です。

後はNexus5をbootloader起動させてパソコンに繋げてfastbootコマンドで焼くだけですが、image-hammerhead-m4b30z.zipの中にはとても重要なイメージファイルが含まれています。

最も重要なのがboot.imgとsystem.imgの2つです。初期化したい場合、この2つは必ず焼かなければいけません。その他のイメージファイルはあなたがどの程度初期化したいかで選べます。例えば；

fastboot flash recovery recovery.img

このようにrecovery.imgを焼くとカスタムリカバリーが消えます。
userdata.imgを焼くと内部ストレージのSDカードが消えます。

6.0.1 (M4B30Z, Dec 2016)の場合、以下のファイルが焼けるイメージファイルです。完全に初期化したいなら全て焼くと良いでしょう。

boot.img
cache.img
system.img
recovery.img
userdata.img
bootloader-hammerhead-hhz20h.img
radio-hammerhead-m8974a-2.0.50.2.30.img

radioはバージョンによって電池持ちが変わるそうです。こだわる人はradioだけ他のバージョンから焼いたりしています。

最後に。私は試したことがないのですが、

fastboot oem lock

これでブートローダーがロックできるそうです。試してないので断言はしません。やるなら一番最後の最後にやらないと文鎮化すると思います。

以上です。